Το σχολείο St. Thomas ήταν ένα ονειρικό εγχείρημα για έναν νεαρό Κεραλίτη που εγκαταστάθηκε σε μια βιομηχανική πόλη της Βόρειας Ινδίας Bahadurgarh. Βαμένος από τους περιορισμούς της εργασίας υπό διοικήσεις και διχασμένος ανάμεσα στην παροχή ευκαιριών στους προνομιούχους και όχι στους άξιους, ο κ. N. Thomaskutty, ο μεγαλύτερος γιος δασκάλων περήφανοι για το επάγγελμά τους αποφάσισε να ξεκινήσει ένα σχολείο βασισμένο στα χριστιανικά του ιδανικά. Αν και η απόφαση να ξεκινήσει το STS φαινόταν να είναι μια παρορμητική αντίδραση, με την πάροδο του χρόνου αποδείχθηκε ότι ήταν το θέλημα του Θεού.
Το σχολείο είχε μια πολύ ταπεινή αρχή στις 6 Απριλίου 1995 στο σπίτι του καθ. Δ.Β. Ο Μάλικ.